Prestefrua påverka byggjestaden
Selje fekk ei av dei fyrste kyrkjene i Norge etter at Olav Tryggvason i år 996 gjorde Selja til helgenstad. Kyrkja han let byggje under helleren på Selja var også den fyrste soknekyrkja i Selje. Seinare stod soknekyrkja på Bø, på innsida av øya, før ho i 1654 vart flytta til fastlandet. Etter segna var det prestefrua Maren Søffrensdatter som sytte for at kyrkja vart sett opp i fjøra nord om Seljesanden, og ikkje attmed prestegarden, slik mannen hennar, Jakob Studt, ville.
Då dei reiv kyrkja, fløytte dei tømmeret over sundet og oppunder Nabbetangen like ved prestegarden. Meininga var at kyrkja skulle setjast opp på Hagevollen, ikkje langt unna prestegardshusa. Fru Maren likte ikkje tanken på å få attergangarane så nær innpå husa. Om natta bad ho drengen stiltre seg av garde og løyse tømmerflåten. Det bles sunnavind, og flåten rak av over vika og bort i fjøra på nordsida av Prestesanden. Då folk vakna og såg kva som hadde hendt, tok dei det som eit varsel om at kyrkja skulle byggjast her, og så vart gjort.
Det var bygdefolket som i førevegen hadde arbeidd for å flytte kyrkja, trass i at ho var i god stand. Kan hende er det også noko i ei anna segn, som fortel at årsaka til flyttinga var at ein femkeiping fullasta med kyrkjefolk hadde kome bort. Dessutan var det vanskelege landingsforhold på Bø.
Presten ville ha romslegare kyrkje
Dagens kyrkje i Selje kom opp i 1866, fordi gamlekyrkja var for lita. Ei lov frå 1851 kravde at ei kyrkje skulle romme 3/10 av folketalet i sokna. Kyrkjer som ikkje stetta kravet, måtte anten utvidast eller gi plass for nye. Mange gamle kyrkjer, som hadde overlevd uår og vanstell, overlevde ikkje lovkravet frå 1851.
Wilhelm Frimann Koren, som var prest i Selje 1826-1875 og prost i Nordfjord, var ein pådrivar for ny kyrkje. Han rekna raskt ut at gamlekyrkja med 200 sitjeplassar, 40 ståplassar og 40 plassar på lemmen, var alt for lita når det budde heile 2168 menneske i soknet. Koren skreiv til Stiftsdireksjonen at det ofte var stor trengsel i kyrkja slik at mange ikkje kunne koma inn.
Gamlekyrkja hadde vore i privat eige sidan 1724, og vedlikehaldet var så som så. Etter lange forhandlingar med kyrkjeeigarane vart det i 1860 semje om at kommunen skulle overta gamlekyrkja, som dei ville flytte til ny kyrkjestad på Leikanger, og samstundes byggje ny kyrkje i Selje.
Stor bygdekyrkje
Bygginga tok til vinteren 1865 på ei tuft tett inntil gamlekyrkja, og våren 1866 stod ho ferdig. Den siste gudstenesta i gamlekyrkja vart halden 22. april 1866, og tre veker seinare vart nyekyrkja vigsla. Byggmeister Rasmus Sætre frå Stryn fekk 6150 spesiedalar for arbeidet. Han hadde med seg fleire arbeidsfolk frå indre Nordfjord.
Selje kyrkje var med sine 600 sitjeplassar ei av dei største bygdekyrkjene i Bergen stift då ho var ny. Likevel var det mange som ikkje kom inn på vigslingsdagen. Selje kommune var på den tida ein av dei folkerikaste i fylket. Ved restaureringa til 100-årsjubileet vart det sett inn nye benker som ikkje rommar fullt så mange.
Kyrkjebygningen
Selje kyrkje er ei romsleg, høgreist kyrkje med tårn over våpenhuset, eit kyrkjeskip på 34 x 14 m med ei takhøgd på 7,2 m, og eit smalare kor med fem sider av den åttekanta oktogonforma. På nordsida av koret er eit sakristi med eigen utgang. Dei mange og store, spissboga vindauga gjer kyrkjerommet lyst: i koret er fem vindauge, med glasmåleri i to av dei; på sørveggen i skipet er fem vindauge, og på nordveggen fire. Det midterste vindauget på nordveggen er erstatta av ei inngangsdør (i tillegg til inngangsdøra gjennom våpenhuset). På kvar side av koret er det sakristi. Kyrkja har galleri, der det fyrste orgelet i Nordfjord kom på plass i 1890. I kyrkjerommet er det trekvite tømmervegger, medan søyler og bjelkar er måla lys grå. Taket og ein del listverk er kvitt, medan benkene er i mørk og lys blått.
Gjennom åra har ho jamnleg vorte måla og vedlikehalden elles, men det er ikkje gjort vesentlege bygningsendringar. Fyrst i 1954 vart det lagt inn elektrisk lys og varme i kyrkja. Kyrkjegarden er vølt mange gonger, seinast i 1995, då ei mengd gamle graver vart sletta, og det vart bygt ny kyrkjegardsmur.
Kunst og inventar
På alteret står i alt fire lysestakar, to forsølva frå 1952 og to i messing frå 1966. Nattverdsutstyret er ein kalk og ein disk frå 1866, ei brødøskje og ei vinkanne frå 1972. Preikestolen og døypefonten er frå 1866. Truleg er også dåpsfatet i messing frå 1866, medan dåpsmugga i messing er frå 1966.
Her er i alt seks portrettmåleri. Tre frå 1700 talet, som kom til kyrkja i 1845, truleg måla av H. Sager. Det eine framstiller sokneprest Claus Johansson Frimann (1666-1715). Det andre er av kona hans, Anne Harboe Frimann (1673-1769). Det tredje måleriet viser sokneprest Peder Harboe Frimann (1713-1759), son av Claus og Anne Frimann, sokneprest i Selje 1745-1759, og far til diktarpresten Claus Frimann. Måleria heng i oppgangen til galleriet.
To portrettmåleri er frå 1878, av sokneprest Wilhelm Frimann Koren og kona Alette Boyesen, begge måla i samband med gullbryllaupet i 1878. Og eitt av sokneprest Koren, laga av Wilhelm Kvalheim i 1927.
Glasmåleria i vindauga i koret er frå 1990, og er laga av Hilmar og Svein Sørensen. Prosesjonskrossen frå 1996 er laga i Irland, og er ei gåve frå kyrkjelydane i Bergen i samband med 1000-årsjubileet i Selje.
Kyrkjeklokka frå 1866, er ei omstøypt klokke laga av Laxevaags Værk. Ho har innskrifta "Gud alene æren".
